| Kode Mata Kuliah |
BI6112 / 3 (1) SKS |
| Penyelenggara |
206 – Biologi / SITH |
|
Indonesia |
Inggris |
| Nama Mata Kuliah |
Bioinformatika |
Bioinformatics |
| Silabus Ringkas |
Bioinformatika meliputi pendalaman bioinformatika serta konsep-konsep dasarnya yang terintegrasi dengan mekanisme evolusi dalam perspektif molekuler, yang terangkum dalam konsep dasar seperti database biologi pada genbank, penjajaran sekuen DNA dan protein, prediksi gen dan promotor, filogenetik molekuler, protein struktural dan fungsional, evolusi genomik dan dunia omik. |
Bioinformatics focusing on fundamental concepts on bioinformatics, and linked molecular evolution perspectives, comprising of biological databases, sequence alignment of DNA and protein, gene and promoter prediction, molecular phylogenetics, structural protein, genome evolution and the world of ‘omics’. |
| Silabus Lengkap |
Bioinformatika meliputi pendahuluan dan database biologi; penjajaran alignment yang terdiri dari dari penjajaran urutan berpasangan, pencarian kesamaan, penjajaran urutan multiple, model hidden Markovs, prediksi domain dan motif protein; prediksi gen dan promoter mencakup prediksi gen, prediksi promoter & elemen regulator; Filogenetik molekular mencakup dasar filogenetika, program dan metode kontruksi pohon filogenetika; protein struktural mencakup dasar struktur protein, klasifikasi, perbandingan dan visualisasi struktur protein; genomic dan proteomik mencakup pemetaan genome, genomik functional dan proteomik. |
Bioinformatics is related to biological databases that consists of introduction databases; sequence alignment consists of pairwise sequence alignment, databse similarity searching, multiple sequence alignment, profiles and Hidden markov models, protein motif and domain prediction; gene and promoter prediction consists of gene prediction, promoter and regulatoryy element prediction; molecular phylogenetics consists of phylogenetics basics, phylogenetics tree construction methods and program; protein structural consists of protein structure basics and protein structure visualization and classification; genomics and proteomics consists of genome mapping, functional genomics and proteomics. |
| Luaran (Outcomes) |
- Mahasiswa mampu menggunakan keilmuan dan kemampuan praktis bioinformatika dalam memecahkan masalah biologi molekuler/biokimia
- Mahasiswa mampu menggunakan berbagai macam program analisis bioinformatika dengan benar dan tepat
- Mahasiswa memahami konsep database DNA, RNA, Protein dan Metabolit dan dapat mengaplikasikan pada bidang terkait penelitian bioteknologi
- Mahasiswa memahami konsep dasar penjajaran dan dapat mengaplikasikannya secara benar
- Mahasiswa dapat memahami relasi struktur dan fungsi dari suatu sekuens pada molekul RNA/Protein
- Mahasiswa dapat menjelaskan prinsip prediksi komputasi struktur protein
- Mahasiswa dapat memilih dan menggunakan database bioinformatika untuk menjawab permasalahan biologi molekuler yang spesifik
- Mahasiswa dapat memilih dan menggunakan program analisis bioinformatika untuk menjawab permasalahan biologi molekuler yang spesifik
|
|
| Mata Kuliah Terkait |
|
| Kegiatan Penunjang |
Praktikum |
|
| Pustaka |
- Xiong J., Essential Bionformatics, , Cambridge, 2006
- Barnes, M.R., Bioinformatics for Geneticist : a bioinformatics primer for analysis of genetic data, 2nd Ed., John Wiley & Sons, 2007
- Paul G. Higgs and Teresa K. Attwood, Bioinformatics and molecular evolution, , Blackwell Publishing, 2005
- Zvelebil, Marketa J, Understanding bioinformatics, , Garland Science, Taylor & Francis Group, 2008
- Supratim Chouduri, Bionformatics for Beginners, , Academic Press, 2014
|
| Panduan Penilaian |
UTS:35% UAS:35% Tugas dan presentasi: 20% Lain-lain: 10% |
|
| Catatan Tambahan |
|
Indonesian 
English